I Boscimani, che arrivarono più di 30.000 anni fa, furono i primi abitanti del Paese e lasciarono tracce della loro migrazione in tutta l’Africa Australe, disegnando sulle rupi graffiti e dipinti. Questo popolo fu seguito dai pastori Khoi-Khoi (Ottentotti) e poi da gruppi di Bantu scesi dal Cameroun, che migrarono dalle regioni nord-occidentali e orientali dell'Africa all'incirca durante il primo o secondo secolo d.C. e si insediarono lungo il fiume Chobe. Alcuni gruppi di Bantu scesero in altre zone, dando origine alle etnie dei Sotho meridionali del Lesotho e dei Sotho settentrionali del Sudafrica, mentre quelli rimasti nel territorio dell’attuale Botswana vennero chiamati Tswana. Vissero fino al XVIII secolo in rapporti relativamente amichevoli in piccole tribù sparse per il Kalahari. Le discordie venivano risolte attraverso la frammentazione: gli insoddisfatti non facevano che riunirsi e fondare un nuovo insediamento altrove. Verso il 1800 giunsero gli Herero, che fuggivano di fronte all’avanzata dei tedeschi, e si stanziarono nelle regioni nord-occidentali. Tutti i territori adatti al pascolo sul limitare del Kalahari erano ormai abitati dai pastori e non si poteva quindi più applicare il principio della frammentazione pacifica per risolvere le dispute. Inoltre gli europei si stavano espandendo sempre di più verso nord e la politica aggressiva delle tribù zulu del Sudafrica, unitesi nel 1818, aveva reso gli sparsi villaggi tswana estremamente vulnerabili. Gli Tswana cercarono allora di trasformare la loro società tradizionale, cui diedero una complessa stratificazione: ciascuna nazione era governata da un monarca e i sudditi vivevano in insediamenti centralizzati e in villaggi satelliti. La disciplina e la struttura di questa società altamente urbanizzata, colpirono favorevolmente i missionari cristiani che avevano iniziato a visitare la regione ai primi dell'Ottocento prodigandosi per evangelizzare la regione. Il loro successo non fu rilevante, tuttavia fondarono varie missioni e soprattutto scuole, dando un nuovo impulso alle popolazioni. Nel 1837 i boeri iniziarono la Grande Traversata del Vaal ed invasero territori tswana e zulu, tentando di sottometterne gli abitanti, occupando il territorio e creando molte fattorie. Sempre più minacciati dall’espansionismo boero ed in seguito alla scoperta delle miniere d’oro di Francistown, i tre maggiori capi Tswana richiesero alla Gran Bretagna di fare del loro Paese un protettorato inglese: ciò di fatto accadde solo nel 1885, quando una parte del Botswana fu posto sotto il controllo britannico (territori a sud del fiume Molopo) aggregato alla colonia del Capo, mentre la zona a nord (ovvero l'odierno Botswana) divenne il protettorato britannico di Bechuanaland. Ad eccezione dei pochi anni in cui sembrò che l'Inghilterra dovesse cedere il controllo del Bechuanaland alla British South Africa Company di Cecil Rhodes, gli inglesi restarono nella colonia fino al 1966. Il sentimento nazionalista aveva intanto preso piede negli anni '50 e '60 e fin dal 1955 era diventato evidente che l'Inghilterra si stava preparando a lasciare il paese. In seguito al massacro di Sharpeville del 1960 venne formato il Bechuanaland People's Party, volto a ottenere l'indipendenza. Le elezioni a suffragio universale ebbero luogo nel 1965 e Seretse Khama fu eletto primo presidente. Il 30 settembre del 1966, infine, la Repubblica del Botswana divenne indipendente.
