I primi a giungere nella penisola malese all'incirca 10.000 anni fa furono gli Orang Asli, provenienti dalla Cina sud-occidentale. Tutt’oggi insediamenti degli Orang Asli si possono trovare in zone remote del Paese. 4.000 anni fa questa etnia era stata soppiantata dai proto-malesi, che si stabilirono in un primo tempo nelle regioni costiere e successivamente nell’entroterra. Tolomeo definiva l’attuale Malesia “Chersoneo Aureo” cioè Penisola dorata, per la presunta presenza di grandi quantità di oro alla quale si interessarono i Romani, i Cinesi e soprattutto gli Indiani. Iniziarono così a svilupparsi piccoli stati hindu lungo il corso dei grandi fiumi. Diversi stati dell’Asia Sud-orientale estesero il loro dominio sulla Malesia: il regno laotiano di Funan controllò per un certo periodo la parte settentrionale della penisola, che successivamente cadde, a partire dal VII secolo, sotto il dominio dell'impero Srivijaya di Sumatra. Nella Valle di Bujang, nel Nord del Paese, venne fondato un importante regno commerciale malese sottomesso alla sovranità del Regno di Srivijaya, del quale oggi sono stati trovati interessanti resti archeologici. Il Regno di Srivijaya cadde nelle mani dell'impero Majapahit di Java. All’inizio del 1400 un principe di Sumatra fece di Melaka la più importante città stato della regione, che, con la sua posizione strategica sullo stretto intratteneva rapporti commerciali per il commercio di spezie fra Oriente ed Occidente. Poco dopo, tuttavia, i Cinesi dell’ammiraglio Cheng Ho si stabilirono a Melaka, garantendo alla popolazione la protezione dall’impero siamese estendendo in questo modo la potenza di Melaka a quasi tutta la Penisola Malese. Allo stesso periodo risale la rapida diffusione della religione islamica. La ricchezza di Melaka attirò su di sé le attenzioni delle potenze europee, che presto ne presero il controllo (i portoghesi nel 1511 e gli olandesi nel 1641) non riuscendo mai, tuttavia, a sfruttare appieno le enormi potenzialità dell’invidiabile posizione della città e le sue favolose ricchezze. Nel 1795 Melaka passò agli Inglesi, che avevano già fondato un florido porto commerciale a Penang nel 1786. Gli inglesi colonizzarono l'interno della penisola man mano che nuove miniere di stagno venivano scoperte, ma instaurarono un regime di libero commercio in netto contrasto con le tendenze monopolistiche dei Portoghesi e degli Olandesi.
Con la sconfitta di Napoleone in Europa fu stipulato un trattato che prevedeva, tra l’altro, la restituzione di Melaka e Giava agli Olandesi, che fu tuttavia di breve durata: Sir Raffles ricevette l’ordine di stabilire una seconda base inglese a Sud di Penang: nel 1819 venne scelta Singapore, che nel 1826 entrò a far parte degli Insediamenti Britannici degli stretti governati dal Bengala, insieme a Melaka e Penang. La Malaysia orientale cadde sotto il dominio della corona britannica indirettamente: l'avventuriero Charles Brooke (autonominatosi Rajah Brooke di Sarawak nel 1841 dopo aver soppresso una rivolta popolare contro il sultano del Brunei) fondò la dinastia dei Rajah Bianchi in Sarawak che avrebbe regnato per oltre un secolo, finchè i Giapponesi non sbarcarono nella regione al tempo della Seconda guerra mondiale. Meno avventuroso e romantico fu l’insediamento degli Inglesi in Sabah: il console americano del Sultanato di Brunei acquistò gran parte delle terre e le vendette ad Hong Kong nel 1865. L’inglese Dent fondò la Compagnia Britannica del Borneo settentrionale, che amministrò lo stato di Sabah dal 1882. Il controllo inglese sui due stati orientali fu poi assunto formalmente solo dopo la seconda guerra mondiale. L’influenza britannica portò la Malaysia enormi mutamenti economici e sociali: Sir Raffles e i suoi successori crearono infrastrutture di comunicazioni; strade che permisero il trasporto dei prodotti delle piantagioni di caucciù e delle miniere di stagno; organizzarono un sistema amministrativo di stampo coloniale e favorirono lo sviluppo della libera impresa. La suddivisone del lavoro su base etnica venne caldeggiata: l’élite malese svolgeva prevalentemente incarichi amministrativi, il popolo continuava a dedicarsi alla terra e alla pesca, gli immigrati cinesi si dedicavano al commercio ed al lavoro nelle miniere di stagno, mentre gli Indiani, giunti più tardi per volere degli Inglesi che desideravano rimpinguare la forza-lavoro locale, si dedicavano a lavori amministrativi ordinari, alla burocrazia ed alle piantagioni di caucciù. La Malaysia, a quel tempo, forniva quasi il 40% della produzione mondiale di caucciù ed il 60% d quella di stagno.
L’impatto della Seconda guerra mondiale fu devastante quanto improvviso: poche ore dopo l’attacco di Pearl Harbour, i Giapponesi sbarcarono a Kota Baru dando inizio alla loro fulminea invasione della Penisola, arrivando fino a conquistare Singapore. La parte del Borneo cadde ancora più rapidamente. Quanto restava delle truppe inglesi tentò di osteggiare l’avanzata giapponese, ma invano. I danni furono incalcolabili sia in termini di vite umane che per l’economia. Nell’entroterra si organizzò un movimento di resistenza, tuttavia le difficoltà logistiche e di approvvigionamento furono praticamente insormontabili fino a quando gli Alleati non si impadronirono di alcune isole non lontane dal Borneo e paracadutarono aiuti e uomini (la famosa Unità Speciale Z australiana). Dopo la resa giapponese del 15 agosto 1945, il Paese era nel caos più totale: i guerriglieri cinesi della resistenza accusavano i Malesi di aver collaborato con i Giapponesi, le divisioni etniche divennero divisioni politiche e la situazione degenerò. Gli Inglesi approntarono allora un piano per formare l’Unione Malese sotto la Sovranità Britannica, in cui la cittadinanza sarebbe stata estesa a tutte le etnie con parità di diritti. I guerriglieri filocomunisti, che già avevano combattuto i giapponesi invasori durante la Seconda guerra mondiale, iniziarono fin dal 1948 una lotta armata contro il dominio inglese senza tuttavia riuscire mai ad avere un appoggio popolare. Fu così che la Gran Bretagna nel 1955 acconsentì alla completa indipendenza della Malesia entro il biennio successivo. L’Indipendenza fu proclamata il 15 agosto 1957. Le elezioni furono vinte dal Partito dell’Alleanza, moderato. Il nuovo leader Tungku Abdul Rahman si trovò a dover fare i conti con Singapore, in un primo tempo entrata a far parte dell’Unione e dove le elezioni avevano portato al potere il Partito d’Azione Popolare: in Malaysia le vicende del dopoguerra procedevano con ordine in mano alle classe aristocratica, a Singapore la situazione era ben diversa: la disoccupazione era dilagante, il tasso di natalità crescente, il commercio in ribasso. I rischi di accollarsi Singapore con tutti i suoi guai per la Malaysia erano notevoli, ma quando il moderato partito di Azione Popolare rischiò di essere sopraffatto dalla sua fazione più di sinistra, Tungku Abdul Rahman si vide costretto ad impegnarsi nella creazione di uno Stato che comprendesse anche Singapore. Per bilanciare l’annessione di Singapore concordò con la Gran Bretagna di inglobare i territori del Borneo. Gli stati di Sarawak, Sabah e Singapore si unirono così con la Malaya per formare la Malaysia nel 1963, confederazione da cui si ritirò Singapore solo due anni dopo: a Singapore infatti il governo si rifiutava di estendere i diritti costituzionali dei Malesi sul proprio territorio. All'istituzione della confederazione si opposero tanto le Filippine quanto l'Indonesia, paesi che avanzavano pretese territoriali sulla Malaysia orientale, e la tensione raggiunse il suo culmine quando le truppe indonesiane passarono il confine per essere respinte dall'esercito malese coadiuvato da contingenti appartenenti al Commonwealth britannico. Nel 1969 ci furono anche violenti scontri tra le etnie malese e cinese, poi rimaste in rapporti relativamente pacifici. Il partito denominato United Malays National Organisation (Organizzazione Nazionale Malesi Uniti - UNMO) è al governo dal 1974 e il paese ha goduto di un boom economico sotto il governo del primo ministro Mahathir Mohamad, desideroso di mostrarsi agli occhi del mondo come un leader pan-asiatico. Nel 1997 la crisi economica che ha investito gli altri paesi del Sud-Est asiatico ha trascinato con sé il ringgit. Nel luglio 2002 il primo ministro Mahathir Mohamad aveva annunciato l'intenzione di ritirarsi alla fine del 2003 e aveva designato come suo successore il vice-premier Abdullah Ahmad Badawi. E la successione è avvenuta il 31 ottobre 2003. Il nuovo primo ministro ha avviato una seria campagna anticorruzione mettendo sotto inchiesta esponenti del precedente governo, guadagnando un'enorme popolarità che gli ha permesso di vincere le elezioni del 21 marzo 2004 conquistando 198 seggi sui 219 del Parlamento (Dewan Rakyat). Trasparenza e valori tradizionali sono le basi del NIP (National Integrity Plan), un vero e proprio piano nazionale voluto dal premier per risanare l'immagine del paese.